เนื่องจาก ความท้าทายด้านการควบคุมยาสูบของประเทศไทยในขณะนี้มีจุดเน้น 4 ประเด็นใหญ่ ได้แก่ ความเป็นโลกาภิวัตน์ (Globalization) เศรษฐกิจและการเมือง ผลิตภัณฑ์ยาสูบรูปแบบใหม่ จากประเด็นต่างๆที่กล่าวมา ศจย. จึงกำหนดให้ทุนสนับสนุนโครงการวิจัยควบคุมยาสูบที่สำคัญโจทย์วิจัยที่พัฒนาจากการต่อยอดจาก ศจย.ระยะที่ 5 และแผนการควบคุมยาสูบแห่งชาติ ฉบับที่สาม พ.ศ. 2565 – 2570 ตลอดจนสอดคล้องกับแนวนโยบายแห่งชาติด้านการควบคุมยาสูบแห่งชาติ ตามกรอบอนุสัญญาว่าด้วยการควบคุมยาสูบขององค์การอนามัยโลก (WHO Framework Convention on Tobacco Control : FCTC) และหลักการสร้างเสริมสุขภาพ ตาม Ottawa Charter โดยมีโจทย์วิจัยสำคัญ ดังนี้