การวิจัย คือ การแสวงหาเพื่อให้ได้ความรู้ใหม่ได้คำตอบในการแก้ไขปัญหาหรือให้ได้มาซึ่ง กฎเกณฑ์ ทฤษฏีใหม่ โดยมีระบบขั้นตอนอย่างชัดเจน รวมถึงการใช้ข้อมูลที่เป็นข้อเท็จจริงในการสรุปอย่างตรงไปตรงมา ไม่ว่าจะเป็นการวิจัยทางด้านวิทยาศาสตร์ หรือการวิจัยทางด้านสังคมศาสตร์ ล้วนมีความสำคัญเป็นการสร้างประโยชน์ให้กับมนุษย์และสังคมอย่างมากเนื่องจาก สิ่งต่างๆ รอบๆ ตัวเรานั้นได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง มีความเป็นอยู่ในสังคมอย่างมีความสุข สร้างการเรียนรู้ให้แก่มนุษย์และเกิดการเปลี่ยนแปลงในทางที่ดีขึ้นก็เพราะมี “การวิจัย”   
    ศูนย์วิจัยและจัดการความรู้เพื่อการควบคุมยาสูบ (ศจย.) จึงเล็งเห็นและได้ให้ความสำคัญในการวิจัย ซึ่งมีวัตถุประสงค์ คือ สนับสนุนการสร้างงานวิจัยและสนับสนุนนักวิจัยเพื่อการควบคุมยาสูบ อย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะงานวิจัยที่มีผลนำไปสู่การผลักดันให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่สามารถ ประยุกต์นำไปสู่นโยบายระดับประเทศ และงานวิจัยที่นำไปสู่การรณรงค์ภาคส่วนในสังคมเพื่อตอบสนองต่อการควบคุมยา สูบของประเทศไทย โดยอิงกรอบอนุสัญญาเพื่อการควบคุมยาสูบขององค์การอนามัยโลก (Framework Convention on Tobacco Control WHO: FCTC) ภายใต้บริบทของสังคมไทย
    ทั้งนี้ประเด็นวิจัยที่ ศจย. ให้ความสำคัญในช่วง พ.ศ.2552-2554 มี 7 กรอบประเด็นคำถามการวิจัยที่สำคัญในการควบคุมยาสูบโดยได้ทำการวิเคราะห์แล้ว เห็นว่าเป็นสิ่งที่ต้องการองค์ความรู้เพื่อนำมาใช้ในการควบคุมยาสูบ ซึ่งสรุปส่วนขาดขององค์ความรู้ได้ ดังต่อไปนี้

• การเฝ้าระวังสถานการณ์ การบริโภคยาสูบ การกระทำผิดกฎหมาย การโฆษณา การส่งเสริมการขาย การไม่บังคับใช้กฎหมาย และการค้าผลิตภัณฑ์ยาสูบผิดกฎหมาย
• การแก้ปัญหาการบริโภคยาสูบโดยใช้มาตราการทางภาษี การแก้ปัญหาการบริโภคยาสูบโดยใช้มาตรการทางภาษี และการรับมือภาวะคุกคามที่มาจากการค้าเสรี การทำข้อตกลงการค้าเสรีระหว่างไทยกับประเทศ/ภูมิภาคต่างๆ, ระหว่างอาเซียนกับประเทศ/ภูมิภาคต่างๆ
• รูปแบบการบูรณาการการเลิกบุหรี่ รูปแบบการบูรณาการบริการการเลิกบุหรี่ในระดับต่างๆ ต้นทุนของการจัดบริการ และประมาณการค่าใช้จ่ายต่อปีสำหรับผู้ป่วยในระบบประกันสุขภาพแต่ละระบบ รวมทั้งการพัฒนาประสิทธิภาพสายเลิกบุหรี่ทางโทรศัพท์ (Quit line) และหาปัจจัยที่นำไปสู่การเลิกบุหรี่
• การควบคุมผลิตภัณฑ์รูปแบบต่างๆ ของยาสูบ การควบคุมผลิตภัณฑ์ รูปแบบต่างๆ ของยาสูบ เช่น บาระกุ ยาเส้นปรุงรส ยาสูบไร้ควัน เป็นต้น และผลกระทบจากแนวคิดการลดอันตรายในผลิตภัณฑ์ยาสูบของโลก ซึ่งส่งผลข้างเคียงในรูปแบบต่างๆ
• งานวิจัยเชิงพฤติกรรม สังคม และการสื่อสาร โดยเฉพาะปัญหา สาเหตุ ของการสูบบุหรี่ในกลุ่มนักสูบหน้าใหม่ เพื่อสนับสนุนการปรับเปลี่ยนสังคมและพฤติกรรมและผลักดันงานรณรงค์สร้างกระแส ตลอดจนการบังคับใช้กฎหมาย
• บุหรี่มวนเอง ทั้งในเรื่องสถานการณ์การสูบบุหรี่มวนเอง แบบแผนการสูบบุหรี่ ระบบการจัดเก็บภาษีบุหรี่มวนเอง การบังคับใช้กฏหมายบุหรี่มวนเอง ผลกระทบต่อสุขภาพ เป็นต้น
• การประเมินประสิทธิภาพมาตราการการควบคุมการบริโภคยาสูบยาที่ใช้อยู่เดิมและข้อเสนอแนวทางการเพิ่มประสิทธิภาพตัวอย่าง เช่น การห้ามใช้คำว่า Light , Mild บนซองบุหรี่  การพิมพ์รายชื่อสารพิษสารก่อมะเร็งบนซองบุหรี่ การขึ้นภาษีบุหรี่ การห้ามสูบในภัตตาคาร บาร์ ตลาดสด  การห้ามตั้งแสดง ณ จุดขาย รวมทั้งประเมินประสิทธิภาพของสื่อรณรงค์ และประเมินความสำเร็จของการผลักดันนโยบาย ในรูปตัวชี้วัดความสำเร็จ เช่นจำนวนผู้สูบบุหรี่ อัตราการขาดงาน หรือลาป่วย ลดลง เป็นต้น